Ο ναός του Αγίου Νικολάου βρίσκεται στους πρόποδες του λόφου πάνω στον οποίο βρίσκεται ένα πρωτοβυζαντινό φρούριο που έλεγχε την είσοδο στον κόλπο της Σούδας. Χτίστηκε τον 11ο αιώνα και αρχικά ήταν μονόχωρος, καμαροσκέπαστος, πιθανότατα με τρουλο.
Στη συνέχεια, κατά τον 13ο αιώνα μετά από διάφορες μετατροπές έγινε σταυροειδούς μορφής, και στις αρχές του 20ου προστέθηκε μια μονόχωρη επέκταση. (Ο ναός ήταν πιθανώς αφιερωμένος στον Όσιο Νικόλαο το Στουδίτη από την Κυδωνία, που απεικονίζεται σε κεντρικό σημείο).
Ο εντυπωσιακός διάκοσμος του σώζεται σε μεγάλο βαθμό, ξεχωρίζει δε η απεικόνιση της ένθρονης Παναγίας στην κόγχη του ιερού. (έχει αποδοθεί σε ένα σημαντικό συνεργείο ζωγράφων, γύρω στα 1230 και περιλαμβάνει, εκτός από το λειτουργικό κύκλο, σκηνές από το Χριστολογικό, το Θεομητορικό και το βίο του Αγίου Νικολάου.
Οι τοιχογραφίες έχουν γίνει με την τεχνική της νωπογραφίας, μάλλον από περισσότερους από έναν ζωγράφους και έχουν χρησιμοποιηθεί έντονα, πολυτελή χρώματα. (η απεικόνιση της Παναγίας είναι κατεστραμμένη).
